En Flying Witch, el público sigue la vida cotidiana de Makoto Kowata. Es una joven bruja humilde que tiene que dejar la casa a la edad de 15 años para ser independiente, como lo exige la tradición de las brujas. Makoto y su gato negro familiar, Chito, comienzan a vivir con sus primos en Aomori, donde su naturaleza mágica la lleva a aventuras excéntricas.
La personalidad fantástica de Makoto y su naturaleza mágica a menudo conducen a encuentros inusuales con seres sobrenaturales, pero siempre son asuntos pacíficos y humorísticos que puede disfrutar con sus amigos y familiares.